Certo dia, Okabe Rintaro criou com sucesso uma onda sonora capaz de enviar ”D-mails’ para o passado, Okabe acabou entrando em contato com seu amigo Labmem, usando o D-mail, mas essas mudanças triviais acabaram criando um efeito borboleta. Um de seus amigos Lukako, era um garoto que gostaria de ser garota, e isso aconteceu, porém essa vontade vai além do esperado.
